历史上是否存在女教皇，即教皇乔安（约翰娜），一直存有争议，教廷的记载及官方回应都否认存在这样一位女教皇。因此，本片并无历史根据，而是根据美国女作家唐娜?伍尔芙?克洛斯的同名小说改编而成。
　　英格兰教士安吉里库斯有两儿一女，他一心想把儿子送进教会学校成为更高阶的主教，但是他的女儿约翰娜，却比两个兄长更有掌握知识的天赋。然而中世纪的人们却认为，女人识字是违反自然的，因为她们一旦有知识，子宫就会缩小，影响生育。
　　幼小的约翰娜在父亲教育兄长的时候，偷学知识，不久读写能力就超过了兄长。此时希腊教会教士埃斯库拉庇乌斯前来挑选学生，安吉里库斯想让儿子去，不料埃斯库拉庇乌斯挑上的却是女儿约翰娜。虽然父亲反对，但约翰娜还是得到了这位希腊教士的精心教导，掌握了拉丁文和希腊文。
　　不久，在埃斯库拉庇乌斯的推荐下，约翰娜被送到多尔斯塔德的教会学校学习，由于学校只收男生，她寄住在格罗德伯爵家。
　　岁月飞逝，约翰娜渐渐长大，和格罗德伯爵互相爱慕。但此时挪威人入侵查理曼大帝死后的法兰克帝国，格罗德伯爵奉召前去抵御。他走后挪威人洗劫了多尔斯塔德，约翰娜在乱军中逃到福尔达修道院，将自己伪装成男性继续学习知识，同时行医救治穷人。
　　几年后，约翰娜跟随朝圣队伍来到罗马，成为教皇利奥的御医。而此时法兰克帝国皇帝泰罗尔进犯罗马，格罗德伯爵就是他手下的将领。泰罗尔和教皇侍从阿纳斯塔修斯谋害了教皇利奥，原准备选阿纳斯塔修斯为教皇，没想到人民拥戴的却是约翰娜。隐藏了自己性别的约翰娜加冕为教皇，圣名若望。而格罗德伯爵成为了教廷侍卫队长。
　　秘密很快就守不住了，因为约翰娜怀孕了。一次教皇巡游途中，格罗德伯爵被引开遭到谋害。约翰娜在众人面前流产。根据传说，她被发现后绑在马尾上活活拖死，电影则到此打住。
　　为了掩盖女人当教皇的丑闻，《教皇本纪》删除了一切有关约翰娜的记载，女教皇成为了一段扑朔迷离的传说。但是在男女不平等的中世纪欧洲，有人猜测像约翰娜这样掩盖自己性别生活在权势上层的女人可能不仅仅只有她一个。（@Lancelot）