毫无征兆的一天，日本东京湾突然冒出大量水蒸气，与之相伴海底隧道则发生崩塌事故。政府方面迅速召开紧急会议，商讨原因与对策，其中内阁官房副长官矢口兰堂（长谷川博己 饰）独辟蹊径，怀疑和某种未知生物有关，却反遭同侪嘲笑。结果事实胜于雄辩，不久后巨大的怪物登陆，对城区展开大肆破坏。在这一过程中，它以诡异的速度进化，随后又突然止步，返回大海。利用短暂的间隙，矢口作为主导成立了“巨大不明生物灾害对策本部”，网罗了数名公务员中的异类加盟。渐渐地他们弄清了怪物的生物构造和产生原因。
　　当被命名为“哥斯拉”的怪物再度登陆，一场都市保卫战正式打响……